磁粉制动器散热工作一般仅靠两个铝后盖（自冷式或者风冷式\水冷式），或者安装其它的散热装置。磁粉制动器散热类型最为常见的自冷式、水冷式两种，自冷式即由磁粉制动器本身装置的铝壳盖来进行散热和周边风流环境，而水冷式则依靠水来使磁粉刹车器内部与表面温度下降，从而提供磁粉的使用与性能。这两种散热方式的主要目的就是降低磁粉刹车器内部与表面的温度，提高磁粉制动器与磁粉的使用寿命和性能以及工作效率。
由于磁粉制动器内部有水循环系统用焊接或热压封闭水道，因为加工精度和焊接质量造成漏水问题屡屡发生，从而造成磁粉粘结，线圈烧坏不能使用，水冷式磁粉制动器工作时能输出较大的制动力矩和滑差功率，因此被广泛采用。
当然，没有水循环的磁粉制动器，在操作和使用上比较方便的，但是由于磁粉制动器工作时，磁粉在磁场作用下，磁粉链不断形成，又不断被拉断，以及磁粉和转子之间、和定子之间的磨擦产生的热量，仅靠外壳散发这些热量显然能力不足，所以还需要配备一套自动水循环系统，以保证磁粉制动器工作时产生的热量与水交换带出散发掉。不过，操作上需要注意一点，开机时应先开水泵冷却电机，以保证磁粉制动器正常运转，提高运转寿命。
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